Trung Tông đại vương có tên húy là Lý Dịch (李懌; 이역), tên tự là Nhạc Thiên (樂天; 낙천), sinh vào ngày 19 tháng 3, năm 1488. Ông là con trai thứ 9 của Triều Tiên Thành Tông nhưng xét ra là đích tử, chỉ sau anh trai ông là Yên Sơn Quân. Mẹ ông là Trinh Hiển vương Hậu Doãn thị, người ở Pha Bình, là chánh thất của Thành Tông đại vương khi đó, kế vị Phế phi Doãn thị là mẹ của Yên Sơn Quân.

Năm 1494, Yên Sơn Quân lên kế vị, Trung Tông khi ấy được 6 tuổi, tấn phong hiệu là Tấn Thành đại quân (晉城大君; 진성대군). Mẹ ông là Trinh Hiển Vương hậu được Yên Sơn Quân tôn làm Từ Thuận Vương đại phi (慈順王大妃).

Năm 1506, Yên Sơn Quân tính khí bạo hành, lòng người bất bình, Từ Thuận đại phi quyết định cùng các đại thần thực hiện chính biến, phế truất Yên Sơn Quân. Ngày 2 tháng 9, các đại thần thuộc Huân Cựu phái (勳舊派) gồm các: Thành Hi Nhan (成希顔; 성희안), Phác Nguyên Tông (朴元宗; 박원종), Liễu Thuận Định (柳順汀; 유순정) và Hồng Cảnh Chu (洪景舟) phát động chánh biến. Đồng thời giết hại Thận Thủ Cần (慎守勤; 신수근), Thận Thủ Anh (慎守英; 신수영) và Nhậm Sĩ Hồng (任士洪; 임사홍), những người ủng hộ Yên Sơn Quân. Sự kiện này được gọi là Trung Tông phản chánh (中宗反正; 중종반정).

Vào ngày Yên Sơn Quân bị phế truất, binh lính của những người lãnh đạo cuộc đảo chính bao vây nhà của Tấn Thành Đại quân. Ông đang chuẩn bị tự sát vì nghĩ rằng Yên Sơn Quân sẽ giết mình, nhưng ông đã được vợ mình là Thận thị khuyên can. Ông được tôn làm Quốc vương, còn vợ ông là Thận thị được phong làm Vương phi. Tuy nhiên, Thận Vương phi là con gái của Thận Thủ Cần, người đã bị phái Huân Cựu giết hại vì phản đối việc phế truất Yên Sơn Quân. Phái Huân Cựu sợ Vương phi sẽ báo thù nên ép buộc Trung Tông phải phế bỏ Thận thị và lưu đày.